Τα τελευταία χρόνια έχει παραχθεί πλήθος γενετικών δεδομένων των οποίων η επεξεργασία και διαχείριση θα ήταν αδύνατη χωρίς τη χρήση των ηλεκτρονικών υπολογιστών και την ανάπτυξη της βιοπληροφορικής. Οι βιολόγοι προσπαθούν να αναπαραστήσουν τις εξελικτικές ιστορίες ομάδων οργανισμών κατασκευάζοντας φυλογενετικά ή εξελικτικά δέντρα. Τα εργαλεία αυτά επιτρέπουν στους βιολόγους να υποβάλλουν κρίσιμες επιστημονικές ερωτήσεις για να εντοπίζουν και να διαπιστώνουν την ιστορικότητα των εξελικτικών σχέσεων. Ή και για να δημιουργούν νέα δεδομένα στην ταξινόμηση των ειδών και των διαφόρων τάξα.

Το κλασικό σύστημα ταξινόμησης του Λιναίου καθιερώθηκε τον 16ο αιώνα και εξακολουθεί να αποτελεί σημείο αναφοράς στα σχολικά εγχειρίδια και τα πανεπιστημιακά βιβλία: βασίλεια, φύλα, τάξεις, οικογένειες, γένη και είδη αποτελούσαν τις επιμέρους ομάδες όπου κατατάσσονταν οι οργανισμοί ανάλογα με τις μεταξύ τους ομοιότητες. Σήμερα, το σύστημα ταξινόμησης βασίζεται κυρίως σε φυλογενετικά στοιχεία, τα οποία αντικατοπτρίζουν την εξελικτική ιστορία των οργανισμών.

Έτσι αντί να δίνουμε ονόματα σε φύλα και οικογένειες, η φυλογενετική ταξινόμηση δίνει ονομασίες σε κλάδους, ομάδες που περιλαμβάνουν έναν προγονικό οργανισμό και όλους τους απόγονους (που υπάρχουν σήμερα ή έχουν εξαφανιστεί) του. Κάθε κλάδος μπορεί να περιέχει εκατοντάδες διαφορετικών ειδών, ή μόνο ένα. Είναι σαν τα κλαδιά ενός δέντρου: αν σκεφτούμε ένα κλαδί, όλα τα παρακλάδια του αποτελούν έναν κλάδο. Αν κάθε οργανισμός που προέρχεται από αυτό τον κλάδο εξαιρείται από την ομαδοποίηση, τότε δεν σχηματίζει κλάδο.